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<title>Protein-RNA-Interaktion</title>
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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">Protein-RNA-Interaktion</span></h1>
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<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p>Eine <b>Protein-RNA-Interaktion</b> bezeichnet eine Bindung von einem <a href="Protein" title="Protein">Protein</a> an <a href="RNA" class="mw-redirect" title="RNA">RNA</a>. Dadurch werden verschiedene Prozesse der <a href="Genexpression" title="Genexpression">Genexpression</a> in <a href="Zelle_(Biologie)" title="Zelle (Biologie)">Zellen</a> gesteuert.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Eigenschaften">Eigenschaften</h2></div>
<p>Proteine, die eine Wechselwirkung mit RNA eingehen, werden als RNA-bindende Proteine bezeichnet, z. B. <a href="Ribonukleoprotein" title="Ribonukleoprotein">Ribonukleoproteine</a>, Proteine der <a href="Transkription_(Biologie)" title="Transkription (Biologie)">Transkription</a> und der <a href="Translation_(Biologie)" title="Translation (Biologie)">Translation</a>,<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> der <a href="RNA-Interferenz" title="RNA-Interferenz">RNA-Interferenz</a>, <a href="MiRNA" class="mw-redirect" title="MiRNA">miRNA</a>-bindende Proteine, RNA-modifizierende <a href="Enzym" title="Enzym">Enzyme</a> wie <a href="RNase" class="mw-redirect" title="RNase">RNasen</a> und die <a href="DNase" class="mw-redirect" title="DNase">DNase</a> <a href="Cas9" title="Cas9">Cas9</a>.
</p><p>Die Interaktionen können in sequenzspezifische und sequenzunabhängige Protein-RNA-Interaktionen eingeteilt werden. Bei den sequenzspezifisch bindenden Proteinen erfolgt die Bindung zumindest teilweise an den <a href="Nukleinbase" class="mw-redirect" title="Nukleinbase">Ribonukleinbasen</a> (<a href="Adenin" title="Adenin">Adenin</a>, <a href="Cytidin" title="Cytidin">Cytidin</a>, <a href="Guanin" title="Guanin">Guanin</a>, <a href="Uracil" title="Uracil">Uracil</a>), während für eine sequenzunabhängige Bindung eine Wechselwirkung mit den <a href="Ribose" title="Ribose">Ribose</a>-<a href="Phosphat" class="mw-redirect" title="Phosphat">Phosphat</a>-Wiederholungseinheiten des RNA-Rückgrats ausreicht.
</p><p>Analog definierte Interaktionen sind z. B. <a href="Protein-Lipid-Interaktion" title="Protein-Lipid-Interaktion">Protein-Lipid-Interaktionen</a>, <a href="Protein-Protein-Interaktion" title="Protein-Protein-Interaktion">Protein-Protein-Interaktionen</a> und <a href="Protein-DNA-Interaktion" title="Protein-DNA-Interaktion">Protein-DNA-Interaktionen</a>.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Nachweisverfahren">Nachweisverfahren</h2></div>
<p>Verschiedene Methoden können zur <a href="Proteincharakterisierung" title="Proteincharakterisierung">Charakterisierung</a> (<a href="RNA-Sequenz" class="mw-redirect" title="RNA-Sequenz">RNA-Sequenz</a>, RNA-bindende Proteine) verwendet werden. Protein-RNA-Interaktionen können z. B. durch <a href="Immunpr%C3%A4zipitation" title="Immunpräzipitation">Immunpräzipitation</a>,<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> <a href="Electrophoretic_Mobility_Shift_Assay" title="Electrophoretic Mobility Shift Assay">EMSA</a>, <a href="RNA-Seq" title="RNA-Seq">RNA-Seq</a>, <a href="RIP-Chip" title="RIP-Chip">RIP-Chip</a>, <a href="ICLIP" title="ICLIP">ICLIP</a>, <a href="CLIP-Seq" title="CLIP-Seq">CLIP-Seq</a><sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> oder per <a href="PAR-CLIP" title="PAR-CLIP">PAR-CLIP</a> nachgewiesen werden. Daneben kann eine <a href="Strukturaufkl%C3%A4rung" title="Strukturaufklärung">Strukturaufklärung</a> per <a href="R%C3%B6ntgenstrukturanalyse" class="mw-redirect" title="Röntgenstrukturanalyse">Röntgenstrukturanalyse</a> oder per <a href="NMR-Spektroskopie" class="mw-redirect" title="NMR-Spektroskopie">NMR-Spektroskopie</a> erfolgen. Weiterhin kann die <a href="Affinit%C3%A4t_(Biochemie)" title="Affinität (Biochemie)">Affinität</a> einer Bindung durch einen <a href="Ligandenbindungstest" title="Ligandenbindungstest">Ligandenbindungstest</a> ermittelt werden, z. B. per <a href="Filterbindungstest" title="Filterbindungstest">Filterbindungstest</a>.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>
<ol class="references">
<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">X. Pichon, L. A. Wilson, M. Stoneley, A. Bastide, H. A. King, J. Somers, A. E. Willis: <i>RNA binding protein/RNA element interactions and the control of translation.</i> In: <i>Current protein & peptide science.</i> Band 13, Nummer 4, Juni 2012, S. 294–304, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22708490?dopt=Abstract">PMID 22708490</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3431537/">PMC 3431537</a> (freier Volltext).</span>
</li>
<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">T. Sahr, C. Buchrieser: <i>Co-immunoprecipitation: protein-RNA and protein-DNA interaction.</i> In: <i>Methods in Molecular Biology.</i> Band 954, 2013, S. 583–593, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1007/978-1-62703-161-5_36">10.1007/978-1-62703-161-5_36</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23150422?dopt=Abstract">PMID 23150422</a>.</span>
</li>
<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">M. Milek, E. Wyler, M. Landthaler: <i>Transcriptome-wide analysis of protein-RNA interactions using high-throughput sequencing.</i> In: <i>Seminars in cell & developmental biology.</i> Band 23, Nummer 2, April 2012, S. 206–212, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2011.12.001">10.1016/j.semcdb.2011.12.001</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22212136?dopt=Abstract">PMID 22212136</a>.</span>
</li>
</ol></div><!--htdig_noindex--><div><div class="zim-footer">
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